醫院消毒供應中心在物品的清洗、消毒和滅菌環節中使用的水包括：自來水、軟水、純化水或蒸餾水，不同的環節用水標準也會有所不同。
根據《WS310.1-2016 醫院消毒供應中心 管理規范》第10部分水與蒸汽質量要求：
10.1 清洗用水：應有自來水、熱水、軟水、經純化的水供應。自來水水質應符合GB5749的規定；終末漂洗用水的電導率應≤15μS/cm(25°C)。
10.2 滅菌蒸汽：滅菌蒸汽供給水的質量指標見附錄B的B.1。蒸汽冷凝物用于反映壓力蒸汽滅菌器蒸汽的質量，主要指標見附錄B的B.2。
清洗消毒滅菌質量與用水質量密切相關，一般說水的純凈度越高，清洗滅菌達到的質量標準越高，反之亦然。
第一部分： 清洗用水質量標準
在醫療器械、器具和物品的清洗消毒處理過程中，水起到了多種的作用，包括：
• 作為清潔劑或其它化學劑；
• 將機械力和熱量傳遞到被清洗器械、器具及物品表面；
• 溶解水溶性污垢；
• 沖洗清潔劑；
• 機器清洗消毒處理時的高溫消毒。
水中不利成分對清洗消毒處理方法和器械外觀以及材料本身都會造成不良影響。因此，在設計衛生設施時就必須充分考慮水的品質。水中含有物質可能導致的問題：
基于規范的要求清洗用水主要分為：自來水、軟水、純化水或蒸餾水。以下為各類用水的定義、使用范圍、質量標準或建議參數：
A. 自來水：
a) 定義：是指通過自來水處理廠凈化、消毒后生產出來的符合相應標準的供人們生活、生產使用的水。
b) 使用范圍：
• 器械、器具和用品清洗的基本用水；
• 手工清洗用水；
• 器械清洗的預沖洗用水；
• 以及制備軟水、純化水的水源。
c) 質量標準：自來水是對天然水進行衛生處理，達到生活飲用標準的水。其水質應符合：
• GB/T 5750.5《生活飲用水檢驗標準方法無機非金屬指標》
• GB5749-85《生活飲用水衛生標準》。
自來水pH值為6.5—8.5；飲水細菌總數每毫升不超過100個，總大腸菌群每升不超過3個；硬度為450mg/L。
B. 軟水：
a）定義：指的是不含或含較少可溶性鈣、鎂化合物的水。
b）使用范圍：
• 軟化水可用于手工或機械預清洗、清洗中間步驟。
軟水是自來水經過離子交換樹脂等方法軟化處理而成，已去除部分鈣鎂離子，降低水的硬度，機械清洗時水溫在60℃以下，不宜出現器械表面結垢的現象。
c）質量標準：
硬度對清洗有很大影響，硬度比表示水中鈣、鎂離子的溶解量，包括溶于水中的鈣、鎂、鹽等的總量。
基于用機器為器械清洗消毒的處理經驗，《器械保值清洗消毒處理》（紅皮書）的推薦為：
C. 純化水或蒸餾水：
a）定義：純化水為經過離子交換法、反滲透法或其他適宜的方法制得，除去水中溶解的正負離子的水。
b）使用范圍：
• 精密器械手工清洗；
• 器械的終末漂洗；
• 醫療器械、器具和物品的熱力消毒。
c）質量標準：
《WS310.1-2016 醫院消毒供應中心 管理規范》規定純化水應符合電導率≤15μS/cm（25℃）。
由于目前還沒有機器或人工清洗消毒處理的純化水標準，《器械保值清洗消毒處理》（紅皮書）建議使用壓力蒸汽滅菌器的蒸汽用水標準。根據《WS310.1-2016 醫院消毒供應中心 管理規范》附錄B，專用蒸汽發生器進水污染物的最高含量要求：
第二部分：滅菌用水質量標準
滅菌用水一般分為壓力蒸汽滅菌器專用蒸汽發生器用水和滅菌器循環泵冷卻水。
A. 壓力蒸汽滅菌器專用蒸汽發生器用水
a）使用范圍：
滅菌器按蒸汽供給方式分為自發蒸汽發生器和外接蒸汽。蒸汽質量是滅菌成功的關鍵因素之一，影響蒸汽質量的因素主要是產生蒸汽氣源用水的水質。對于自發蒸汽發生器的供水應使用純化水。
b）質量標準：
根據《WS310.1-2016 醫院消毒供應中心 管理規范》附錄B，專用蒸汽發生器進水污染物的最高含量要求：
B. 滅菌器真空泵用水及熱交換器冷卻水
現代的高溫高壓蒸汽滅菌器在抽真空的過程中，往往使用水環式抽真空泵，依靠水的流動產生大量的的真空度。同時，在滅菌程序的進行過程中，通常會通過快速冷卻裝置將滅菌器腔體內甚至夾套內派出的蒸汽進行迅速冷卻。
在整個抽真空及熱交換器冷卻過程中需要消耗大量的水，此處的用水應該根據滅菌器生產廠家所提出的設備安裝介質要求，通常情況下要求使用軟化水。如潔定蒸汽滅菌器HS66系列冷卻用軟水的硬度要求低于4dH（0.7mmol/l）。